Thứ nhất, việc xác định mô hình tổ chức các cơ quan thanh tra:   

Hiện nay, mô hình tổ chức của các cơ quan thanh tra được thiết lập theo mô hình tổ chức các cơ quan hành chính Nhà nước theo nguyên tắc ở đâu có hoạt động quản lý Nhà nước thì ở đó thành lập cơ quan thanh tra mà chưa xem xét đến nội dung, phạm vi, tính chất phức tạp của hoạt động quản lý Nhà nước. Hiện nay, ở các địa phương, nhất là cấp huyện và cấp sở, hệ thống các cơ quan thanh tra còn hạn chế về quy mô và phạm vi hoạt động, nhiều cơ quan thanh tra sở chỉ có 2-3 biên chế; thanh tra cấp huyện trung bình chỉ có 3-7 biên chế. Điều này dẫn đến các cơ quan thanh tra khó có thể thực hiện đầy đủ nhiệm vụ, quyền hạn của mình trên các lĩnh vực công tác. Việc xác định đối tượng thanh tra phải căn cứ vào quy mô, nội dung, tính chất của hoạt động quản lý, từ đó thiết lập tổ chức bộ máy các cơ quan thanh tra phù hợp. Trong phạm vi quản lý Nhà nước ở ngành, lĩnh vực, nếu phạm vi quản lý hẹp, nội dung quản lý không quá đặc thù, phức tạp thì nhiệm vụ thanh tra hoàn toàn có thể giao cho một cơ quan thanh tra theo cấp hành chính thực hiện mà không nhất thiết mỗi ngành, lĩnh vực lại thành lập một cơ quan thanh tra như hiện nay. Tương tự như vậy, ở cấp huyện với phạm vi địa bàn không quá rộng, dân số ít, không có nhiều cơ sở sản xuất kinh doanh, không có nhiều doanh nghiệp hoạt động thì cũng không nhất thiết phải thành lập một tổ chức thanh tra trên địa bàn mà có thể giao nhiệm vụ, quyền hạn của thanh tra huyện cho thanh tra tỉnh thực hiện.

Thứ hai, việc xây dựng và áp dụng trình tự, thủ tục tiến hành thanh tra:

Pháp luật về thanh tra hiện chỉ quy định trình tự, thủ tục chung áp dụng trong hoạt động thanh tra mà chưa có trình tự, thủ tục áp dụng riêng đối với từng loại hình thanh tra. Với hoạt động thanh tra hành chính, đối tượng thanh tra là cơ quan, tổ chức, cá nhân trong hệ thống cơ quan hành chính Nhà nước và các doanh nghiệp Nhà nước, các đối tượng này ngoài việc chịu sự điều chỉnh của pháp luật thanh tra còn phải chấp hành các quy định của pháp luật về cán bộ, công chức, viên chức; chấp hành sự chỉ đạo của thủ trưởng cơ quan quản lý Nhà nước là đối tượng thanh tra. Vì vậy, khi tiến hành thanh tra, trình tự, thủ tục áp dụng cho nhóm đối tượng này có sự khác biệt và trong quan hệ phối hợp với đoàn thanh tra cũng có những thuận lợi nhất định.