Hiện nay, theo quy định pháp luật và thực tiễn thì phụ cấp của Phó Trưởng phòng của các cấp được quy định khác nhau (Ví dụ: Căn cứ theo Nghị định số 204/2004/NĐ-CP quy định chế độ tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức, lực lượng vũ trang quy định về phụ cấp chức vụ từ Phó Trưởng phòng và tương đương trở lên như sau:  Phó Trưởng phòng thuộc Vụ và các tổ chức tương đương của Bộ, cơ quan ngang Bộ là 0.4; Phó Trưởng phòng thuộc Ban (hoặc thuộc Vụ) trong cơ quan thuộc Chính phủ, Phó Trưởng phòng thuộc Ban (hoặc thuộc Vụ) trong Tổng cục thuộc Bộ, Phó Trưởng phòng thuộc Ban trong Cục thuộc Bộ (nếu có), Phó Trưởng phòng và tương đương thuộc Ban Quản lý khu công nghiệp, Phó Trưởng phòng Sở và tương đương là 0,4; Phó Trưởng ban (hoặc Phó Trưởng phòng) thuộc Cục thuộc Tổng cục là 0,3; Phó Trưởng phòng Chi cục và tương đương là 0,25…).

Tuy nhiên, căn cứ vào khoản 2 Điều 10 Nghị định số 130/2020/NĐ-CP của Chính phủ quy định: “Những người giữ chức vụ lãnh đạo, quản lý từ Phó Trưởng phòng và tương đương trở lên công tác trong một số lĩnh vực được xác định trong danh mục tại Phụ lục III phải kê khai tài sản thu nhập hàng năm”. Việc xác định “tương đương” sẽ căn cứ theo quyết định bổ nhiệm và mức hưởng phụ cấp của cán bộ, công chức, viên chức đó. Mỗi cơ quan, tổ chức, đơn vị khi phân công nhiệm vụ và bổ nhiệm cán bộ, công chức, viên chức thuộc thẩm quyền của mình sẽ xác định rõ vị trí việc làm của mỗi cán bộ, công chức, viên chức trong cơ quan, tổ chức, đơn vị đó.