Các quy định về việc chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra và kiến nghị khởi tố vụ án hình sự đã được quy định tại Luật Thanh tra năm 2010 và Nghị định 86/2011/NĐ-CP ngày 22/09/2011 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thanh tra. Mặt khác, sau khi Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 được ban hành, Thanh tra Chính phủ đã phối hợp xây dựng Thông tư liên tịch số 03/2018/TTLT-VKSNDTC-BCA-BQP-TTCP ngày 18/10/2018 quy định về phối hợp giữa Cơ quan điều tra, Viện Kiểm sát, Cơ quan thanh tra trong việc trao đổi thông tin về tội phạm và giải quyết kiến nghị khởi tố được phát hiện thông qua hoạt động thanh tra. Cụ thể, căn cứ khoản 1 Điều 44 Nghị định 86/2011/NĐ-CP: “Trong quá trình thanh tra hoặc khi kết thúc thanh tra, cơ quan thực hiện chức năng thanh tra phát hiện vụ việc có dấu hiệu tội phạm thì trong thời hạn 05 ngày, kể từ ngày phát hiện dấu hiệu tội phạm, người ra quyết định thanh tra phải chuyển hồ sơ vụ việc và bản kiến nghị khởi tố đến cơ quan điều tra để xem xét khởi tố vụ án hình sự, đồng thời thông báo ngay bằng văn bản cho Viện Kiểm sát có thẩm quyền biết”.

Đoàn thanh tra có tiếp tục hoạt động thanh tra nữa không? Tại khoản 1 Điều 7 Luật Thanh tra 2010 về nguyên tắc hoạt động thanh tra: “Tuân theo pháp luật; bảo đảm chính xác, khách quan, trung thực, công khai, dân chủ, kịp thời”. Như vậy, sau khi người ra quyết định thanh tra ra quyết định chuyển hồ sơ vụ việc và bản kiến nghị khởi tố đến Cơ quan điều tra, người ra quyết định thanh tra cần báo cáo và xin ý kiến chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp quyết định xem xét có tiếp tục các nội dung khác theo kế hoạch tiến hành thanh tra để ban hành Kết luận thanh tra theo quy định của pháp luật về thanh tra nhằm đáp ứng mục tiêu, yêu cầu quản lý nhà nước.