Đầu tiên, phải khẳng định rằng, mục đích của việc thanh tra không chỉ nhằm tìm ra sai phạm của các chủ thể, mà còn là công tác nhằm tăng cường quản lý nhà nước, trách nhiệm tự kiểm soát của tổ chức, cá nhân trong xã hội, nâng cao hiệu lực áp dụng pháp luật. Do đó, khi doanh nghiệp đã sai phạm về việc chậm đóng bảo hiểm xã hội thì cho dù đã chủ động đóng số tiền chậm đóng bảo hiểm thì cũng không làm ảnh hưởng tới việc tiến hành thanh tra đối với doanh nghiệp này.

Theo quy định của Điều 6 của Quyết định số 1518/QĐ-BHXH ngày 18 tháng 10 năm 2016 của Tổng Giám đốc Bảo hiểm xã hội Việt Nam ban hành, nhiệm vụ, quyền hạn của Bảo hiểm xã hội tỉnh trong hoạt động thanh tra được thực hiện theo quy định tại  Điều 7 của Nghị định số 21/2016/NĐ-CP ngày 31 tháng 3 năm 2016 của Chính phủ quy định việc thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành về đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế của cơ quan bảo hiểm xã hội. Căn cứ vào quy định này, hoạt động thanh tra của Bảo hiểm xã hội tỉnh Y được thực hiện theo kế hoạch hoặc thanh tra đột xuất.
Như vậy, theo như bạn cung cấp thông tin thì có thể thầy đây là cuộc thanh tra đột xuất khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật của công ty, được báo chí phản ánh.

Việc doanh nghiệp này chủ động đóng toàn bộ số tiền BHXH còn nợ đọng không làm ảnh hưởng đến việc tiến hành cuộc thanh tra đó. Bởi vì mục đích của hoạt động thanh tra không chỉ phát hiện và xử lý hành vi vi phạm pháp luật mà còn nhằm nâng cao hiệu quả quản lý, góp phần hoàn thiện cơ chế, chính sách pháp luật. Mặt khác, mặc dù doanh nghiệp đã chủ động đóng toàn bộ nợ đọng BHXH thì vẫn cần làm rõ nguyên nhân chủ quan, khách quan, trách nhiệm của tập thể và cá nhân để xử lý và chấn chỉnh, hạn chế những sai phạm trong tương lai. Việc tự nguyện đóng nợ đọng BHXH trước khi thanh tra sẽ được xem xét là tình tiết giảm nhẹ theo quy định tại khoản 1 Điều 9 của Luật Xử lý vi phạm hành chính năm 2012: “người vi phạm hành chính đã có hành vi ngăn chặn, làm giảm bớt hậu quả của vi phạm hoặc tự nguyện khắc phục hậu quả, bồi thường thiệt hại” là tình tiết giảm nhẹ.

Ngoài ra, việc tiến hành thanh tra còn cần thiết cho việc đánh giá tính chất, mức độ của hành vi vi phạm để có biện pháp xử lý phù hợp. Trong trường hợp hành vi vi phạm có dấu hiệu tội phạm thì chuyển sang Cơ quan điều tra để xử lý hồ sơ theo quy định tại Điều 34 của Quyết định số 1518/QĐ-BHXH nêu trên, quy định việc chuyển hồ sơ sang cơ quan nhà nước có thẩm quyền, theo đó “tùy theo tính chất và mức độ vi phạm pháp luật về chính sách bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm y tế của đối tượng thanh tra, Trưởng đoàn tập hợp hồ sơ, tài liệu liên quan, báo cáo người ra quyết định thanh tra để chuyển hồ sơ sang cơ quan nhà nước có thẩm quyền để xử lý”.